Fue un niño soldado, Héroe en la Infausta Guerra del Pacifico, proveniente de una familia de clase media, estudiante del Colegio Nacional Nuestra Señora de Guadalupe. Después de la derrota peruana en la Campaña del Sur el ejército chileno llegó a Lima causando daños materiales y humanos irreparables en Chorrillos y Barranco. Luego el invasor tomó un descanso para luego atacar las defensas de Miraflores. En estas circunstancias, los profesores y alumnos mayores de 16 AÑOS del referido colegio, así como la ciudadanía solicitaron enrolarse en el Ejército Civil para la defensa de la capital. Manuel Bonilla Elhart qué contaba con 13 años a su insistencia fue admitido para encargarse del aprovisionamiento de municiones en el Batallón N° 6 del Reducto de Miraflores.
El 15 de enero de1881 la artillería chilena concentró su ataque sobre la defensa peruana. El jefe del Reducto de Miraflores, Coronel Narciso de la Colina durante la batalla cayó muerto por un proyectil enemigo. Bonilla al ver caído a su jefe tomó un fusil y avanzó contra el invasor, pero una granada lo alcanzó destrozando su cuerpo, el cual nunca pudo ser encontrado. Manuel Bonilla es el Niño Héroe del Perú durante la Guerra del Pacífico , quien entregó su vida por el amor a la Patria.
En su memoria una calle del distrito de Miraflores, así como el Complejo Deportivo de dicha jurisdicción lleva su nombre, asimismo, en el Parque Reducto de Miraflores existe una escultura de este Niño Héroe quien sacrificó su joven vida en defensa del suelo que lo vio nacer.